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恒达测速_南京地理所 首次完成湖泊超微真核藻全

        【逐日科技网】

  超微型浮游藻类(粒径≤3μm)简称“超微藻”,普遍漫衍于海洋和淡水生态系统,在水生生态系统尤其是微食物环中有重要作用。它们具有更高的CO2牢固效率,对水体低级生产力的孝敬量可高达90%,且其潜在的夹杂营养代谢功能对浮游细菌的种群具有调控作用。Mychonastes homosphaera是长江中下游富营养化湖泊(巢湖、鄱阳湖)常见的优势超微真核藻,其对富营养化湖泊的顺应及进化机制尚未获得说明。

  近期,中国科学院南京地理与湖泊研究所史小丽团队基于流式细胞分选手艺及划线星散法获得Mychonastes homosphaera藻株,并对星散自典型富营养化湖泊巢湖的超微真核藻Mychonastes homosphaera举行PacBio三代测序,完成湖泊超微真核藻全基因组测序事情,展现Mychonastes homosphaera对富营养化湖泊的进化及顺应机制。

  该研究行使PacBio三代测序手艺对Mychonastes homosphaera全基因组举行测序,获得5.8 Gb有用序列,组装出Contig N50 为2 Mb的24.23 Mb基因组序列。基因组注释效果显示,20.13%的序列为重复序列,卵白编码基因6649个。基因组相关代谢通路构建效果表明,Mychonastes homosphaera不仅有高效的营养及光能行使机制,还具有特有的低温顺应机制,说明晰其在巢湖冬季优势的机理。研究人员通过对照基因组学,剖析了Mychonastes homosphaera和其他藻类基因组中油脂合成代谢途径基因的组成和拷贝数,注释了Mychonastes homosphaera高油脂含量的缘故原由,以为普遍的碳源选择、高效的光合速率和兴旺的生长速率,让Mychonastes homosphaera成为微藻能源生产的潜力藻种。该研究还发现,Mychonastes homosphaera基因家族基因距离以及内含子数目的削减,展现了藻类进化过程中Genome streamlining征象。

  该研究为藻类基因组学研究提供厚实的数据资源,有助于藻类顺应和进化机制研究,进一步论述超微藻在湖泊系统中饰演的生态角色。

  相关功效以Genome analyses provide insights into the evolution and adaptation of the eukaryotic Picophytoplankton Mychonastes homosphaera为题,揭晓在BMC Genomics上。研究事情获得国家自然科学基金项目资助。基因组信息存储于NCBI数据库中(BioProject number:PRJNA556117)。

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